EĞİTİM // EDUCATION :
 

Doktora (Ph.D.) Mississippi State University (USA) 2014-17
Yüksek Lisans (M.Sc.) Mississippi State University (USA) 2012-13
Lisans (B.Sc.)    Ege Üniversitesi (TURKEY) 2004-09



► DOKTORA :
Veterinerlik Tıbbi Bilimleri Enfeksiyon Hastalıkları
Doktora Tezi: Edwardsiella ictaluri'de Tip VI sekresyon sisteminin karakterizasyonu

► YÜKSEK LİSANS :
Veterinerlik Tıbbi Bilimleri
Yüksek Lisans Tezi: Edwardsiella ictaluri'de kompleks ortamda büyüme bozukluğuna sebep olan genlerin belirlenmesi

---

► Ph.D. : 
Ph.D. in Veterinary Medical Sciences with concentration Infectious Diseases (VIDC)
Dissertation: Characterization of Type VI Secretion System in Edwardsiella
ictaluri

► MASTER'S :
M.Sc. in Veterinary Medical Sciences
Thesis: Identification of Edwardsiella
ictaluri genes causing impaired growth in complex medium

YAYINLAR // PEER-REVIEWED PUBLICATIONS :

► 2015


Hasan C. Tekedar, Attila Karsi, Ali Akgul, Safak Kalindamar, Geoffrey C. Waldbieser, Tad Sonstegard, Steven G. Schroeder, Mark L. Lawrence. “Complete Genome Sequence of Fish Pathogen Aeromonas
hydrophila AL06-06” Genome Announcements 3(2):e00368-15.

► 2017

Hasan C. Tekedar, Salih Kumru, Safak Kalindamar, Attila Karsi, Geoffrey C. Waldbieser, Tad Sonstegard, Steven Schroeder, Mark R. Liles, Matt J. Griffin, Mark L. Lawrence. “Draft genome sequences of three Aeromonas
hydrophila isolates from catfish and tilapiaGenome Announcements 5(2):e01509-16.

Hasan C. Tekedar, Attila Karsi, Joseph R. Reddy
, SeongWon Nho, Safak Kalindamar, Mark L. Lawrence. “Comparative Genomics and Transcriptional Analysis of Flavobacterium columnare Strain ATCC 49512Frontiers in Microbiology 8:588.

► 2018


DEĞERLENDİRMEDE :

Safak Kalindamar, Jingjun Lu, Hossam Abdelhamed, Hasan C. Tekedar, Mark L. Lawrence, Attila Karsi. “Transposon mutagenesis and identification of mutated genes in growth-delayed Edwardsiella ictaluri colonies.” (Under Review at BMC Microbiology.)

Hasan C. Tekedar, Jochen Blom, Safak Kalindamar,
Seong Won Nho, Attila Karsi, Mark L. Lawrence. “Comparative genomics of the fish pathogens Edwardsiella ictaluri 93-146 and Edwardsiella piscicida C07-087.” (Under Review at Microbial Genomics.)

Ali Akgul, Seong Won Nho, Safak Kalindamar, Hasan C. Tekedar, Hossam Abdelhamed, Mark L. Lawrence, Attila Karsi. “Universal stress proteins contribute Edwardsiella
ictaluri virulence in catfish”. (Under Review at Frontiers in Microbiology.)

ARAŞTIRMA ALANLARI // RESEARCH AREA and INTERESTS : 

BAKTERİYEL EFEKTÖR PROTEİNLER 

Başlıca araştırma alanım, patojen ve patojen olmayan bakterilerde varolan bakteriyel sekresyon sistemleri ve bu sistemlerce salgılanan efektör proteinlerdir. Özellikle Tip III sekresyon sistemi (T3SS), Tip IV sekresyon sistemi (T4SS) ve Tip VI sekresyon sistemlerince (T6SS) çevresel veya konak ortamında salgılanan efektör proteinlerin fonksiyonlarının belirlenmesi ve yenilikçi efektör protein bazlı terapötik ilaçların hastalıkları önlemek için geliştirilmesi ilgi alanıma girmektedir. Bu maksatla araştırmalarım daha çok T3SS, T4SS ve T6SS efektör proteinlerinin konak ortamının bakteriyel invazyonu için nasıl manipüle ettiklerinin önemine odaklanmıştır. Araştırma stratejisi olarak T3SS, T4SS ve T6SS efektör proteinlerinin konak bağışıklık sistemi üzerinde entegrasyonu ile efektör proteinlerin konak-patojen ilişkisi yönünden incelenmesine odaklanmıştır. Daha önceki efektör protein çalışmalarım, balık patojeni Edwardsiella ictaluri 'nin T6SS efektör proteinlerinin karakterizasyonu ve bu proteinlerin konak-patojen ilişkisindeki rolleri ile ilgilidir. 

► BACTERIAL EFFECTOR PROTEINS

I am broadly interested in bacterial secretion systems and secreted effector proteins in pathogenic and non-pathogenic bacteria. In particular, my future research interests are shaped by understanding the function of Type III secretion system (T3SS), Type IV secretion system (T4SS), and Type VI secretion system (T6SS) effector proteins and developing novel strategies for designing effector protein-based therapeutics. My research agenda focuses on the questions that how T3SS, T4SS, and T6SS effector proteins are important in the manipulation of the host environment for the bacterial invasion. My research strategies integrate the T3SS, T4SS, and T6SS effector proteins and host immune system to reveal the function of the effector proteins for the host-pathogen interactions. My past research investigates the characterization of T6SS and understanding the role of T6SS effector proteins in Edwardsiella ictaluri.

My plans for the future involved in identifying more novel T3SS, T4SS, and T6SS effector proteins and understanding their function for the bacterial competition or the host-pathogen interactions. I plan to focus on the effector proteins that play an essential role in inter- or intra- bacterial competitions in the microbial communities. Additionally, I have the interest to work in the area that identifies the protein domains for the T3SS, T4SS, and T6SS effector proteins to reveal the underlying properties of the effector proteins. The main motivation here is to identify novel effector protein domains on the pathogenic and non-pathogenic bacterial genomes.

PROJELER // PROJECTS : 

Görev (Role):
 Doktora Öğrencisi (Doctoral Student)
Proje Adı (Project): Development of an Edwardsiella 
ictaluri Hfq mutant As a Potential Live Vaccine Strain
Kaynak (Funding): Mississippi Eyalet Üniversitesi, Veterinerlik Fakültesi, Araştırma ve Lisanüstü Çalışmalar Ofisi, A.B.D. (Mississippi State University, College of Veterinary Medicine, Office of Research and Graduate Studies (MSU-CVM-ORGS)
Tarih (Date): 2017-2018

Görev (Role): Doktora Öğrencisi (Doctoral Student)
Proje Adı (Project): Prevention of Enteric Septicemia of Catfish by Novel Live Attenuated Vaccines
Kaynak (Funding): Ulusal Gıda ve Tarım Enstitüsü, Birleşik Devletler Tarım Bakanlığı, A.B.D. (National Institute of Food and Agriculture, USDA)
Tarih (Date): 2016-2019

Görev (Role): Doktora Öğrencisi (Doctoral Student)
Proje Adı (Project): Evaluation of Novel Live Attenuated Edwardsiella
ictaluri Vaccine Candidates for Prevention of Enteric Septicemia of Catfish 
Kaynak (Funding): Ulusal Gıda ve Tarım Enstitüsü, Birleşik Devletler Tarım Bakanlığı, A.B.D. (National Institute of Food and Agriculture, USDA)
Tarih (Date): 2014-2017

Görev (Role): Doktora Öğrencisi (Doctoral Student)
Proje Adı (Project): Genomics, Virulence, and Detection of Emerging Pathogenic Aeromonas
hydrophila in Channel Catfish 
Kaynak (Funding): Ulusal Gıda ve Tarım Enstitüsü, Birleşik Devletler Tarım Bakanlığı, A.B.D. (National Institute of Food and Agriculture, USDA)
Tarih (Date): 2013-2017

Görev (Role): Yüksek Lisans Öğrencisi (Master's Student)
Proje Adı (Project): Development of Broad Efficacious Multivalent Live Attenuated Vaccines Against Catfish Pathogens
Kaynak (Funding): Ulusal Gıda ve Tarım Enstitüsü, Birleşik Devletler Tarım Bakanlığı, A.B.D. (National Institute of Food and Agriculture, USDA)
Tarih (Date): 2011-2013 

Görev (Role): Yüksek Lisans Öğrencisi (Master's Student)
Proje Adı (Project): Identification of Edwardsiella
ictaluri virulence factors by expression profiling and biophotonics
Kaynak (Funding): Ulusal Gıda ve Tarım Enstitüsü, Birleşik Devletler Tarım Bakanlığı, A.B.D. (National Institute of Food and Agriculture, USDA)
Tarih (Date): 2007-2012